1、口感质地不同
这二者直观的来说，水豆腐质地更紧密，组织更扎实，颜色发黄，不容易碎，口感更扎实一些，而嫩豆腐则细腻滑嫩，颜色洁白，质地更接近豆花，容易碎，口感上有一种入口即化的柔嫩感。
2、制作方法不同
水豆腐就是北豆腐，又名“卤水豆腐”是用卤水（氯化镁）作为凝固剂的，卤水中的钙镁离子与大豆蛋白相结合发生凝固反应，使豆腐成形。水豆腐在点豆腐成型后，还要用豆腐压豆腐的方法进行压榨，压榨约30分钟，为使豆腐进一步排水，以达到规定的质量，使产品坚挺而有弹性。所以水豆腐硬度较高，质地较粗糙。
而嫩豆腐则又分为两种，一种是南豆腐一种是内酯豆腐。南豆腐用石膏做凝固剂，因此也叫“石膏豆腐”。石膏的化学成分是硫酸钙，溶解度低，凝固速度比卤水要慢。内酯豆腐使用一种叫“葡萄糖酸内酯”的东西作为凝固剂，也有商家采用日本名称“绢豆腐”。葡萄糖酸内酯引发的凝固进行得比较慢，所以可以把豆浆进行超高温灭菌，加入葡萄糖酸内酯之后，再装盒密封。这样得到的豆腐，保质期就远比另外两种豆腐要长。嫩豆腐嫩豆腐在成型后不需要进行压榨。所以嫩豆腐含有较高的水分，口感更细嫩。
3、营养各有不同
相比水豆腐，嫩豆腐的含水量更高，以同样的重量来说，营养成分的含量就是“北豆腐>南豆腐>内酯豆腐”，尤其是钙，南豆腐跟同样重量的牛奶相当，而北豆腐甚至还要更高一些，而内酯豆腐可以忽略。北豆腐则因为水的渗出损失掉了一些溶于水中的营养成分，但是豆浆中的嘌呤也会随着这些水的渗出而去掉，这对于痛风病人来说是好事。
4、烹饪方法不同
一般来说，水豆腐适合煎炸闷炖等烹饪方法，水豆腐含水少，孔隙大，最适合用来吸收汤汁的鲜味，也有助于稳定形态，不容易碎。而嫩豆腐则适合追求口感细嫩的菜谱，比如凉拌豆腐，豆腐羹，蟹黄豆腐等。
5、外观不同
嫩豆腐色泽白，非常嫩。而水豆腐则相对发黄，比较老。
