主要的区别有3点：
1．借款主体不同
政策性个人住屋贷款的借款主体是住屋公积金的交存人和住屋积金交存单位的离退休职工；商业性个人住屋贷款的借款主体是具有合法且稳定收入来源的城镇居民。
2．贷款额度、期限、利率不同
政策性个人住屋贷款额是以个人和单位的住屋公积金的存量确定的，因此额度是有限制的。一般而言，政 策性个人住屋贷款单笔额度不超过所购住屋评估价值的70％，最高限额为30万元。商业性个人住屋贷款额度只要求不超过所购住屋价款的70％。
3．政策性个人住屋贷款与商业性个人住屋贷款利率相比更为优惠
同样的十年期贷款，符合政策性个人住屋贷款相关条件的个人所需负担的贷款年利率为4．59％，而选择商业性个人住屋贷款则应负担的贷款年利率是5．58％。
