蜂蜜檸檬氣泡有兩種情況，一種正常的泡泡，另一種就是蜂蜜變質發酵起的泡泡。蜂蜜中都含有水分，根據含水量的不同可劃分品質，如果使用的是含水量很高的水蜜加上本身檸檬裏面的水分，保存不當很容易變質。
若使用的是本身含水量低的成熟蜜，就不容易變質，蜂蜜本身也有很強的殺菌效果。判斷蜂蜜變質可參考有沒有酒精味道，有沒有其他刺激性味道。如果有刺激性味道就是變質。建議做蜂蜜檸檬不要一次性做很多，冰箱低温保存較好。
蜜蜂雖然在某一個時期只從一種植物上採集花蜜，但是，大多數蜂蜜中常常含有幾種類型植物的花粉或花蜜，例：南方荔枝花末期接着有龍眼花，油菜花末期接着有紫雲英開花，所以龍眼蜜裏必含有荔枝蜜成分，紫雲英流蜜初期必有少量油菜蜜成分。一般情況下，蜂蜜是以一種或幾種主要來源的花名來命名的。
