深海魚油中含有很多種不飽和脂肪酸，對人體有非常大的作用，但是有部分人群可能會對深海魚油出現過敏，噁心和嘔吐等不適應症狀，甚至還會出現過敏性休克，所以對於存在有過敏情況的人群而言，醫生是通常不建議吃的。
海魚油不建議患者長時間吃。目前市面上的深海魚油類產品大部分是國食健字的，好的深海魚油產品可以起到軟化血管，清除血管中的膽固醇和甘油三酯，預防心血管疾病的作用。由於很多產品品質良莠不齊，深海魚油裡面還添加了很多其他成分，經常吃有可能對身體產生傷害，因此不建議長期吃。
如果以治療為目的吃深海魚油，一開始可以大劑量使用，3個月後逐漸減量，但具體停藥時間還是要由醫生規定。深海魚油具有抑制血小板聚集的作用，因此有出血傾向和出血障礙的患者應在醫生指導下慎用。因為深海魚油的熱量很高，吃得太多可能會增加肥胖的風險。老年人在服用深海魚油時，可以將卵磷脂與卵磷脂、魚油一起服用，不僅有助於降低血脂，還能很好地保護肝臟。
深海魚油是從深海魚中提取的不飽和脂肪酸，主要含有EPA和DHA。 DHA存在於人腦灰質中，具有活化腦細胞、提高腦神經資訊傳遞速度、增強記憶力、延緩衰老等作用。 EPA有助於降低血脂和血壓，並能在一定程度上預防心腦血管硬化。它還有助於增強血管的彈性和韌性，降低血液粘度，提高紅細胞的攜氧能力，並能降低血栓形成的風險，從而預防中風。
