工業用房可以註冊公司，公司辦公場所的用房需要商業和工業用地範圍，住宅樓內的房屋改變為經營性用房作為公司住所的，應當符合國家法律、法規、管理規約的規定。根據《公司法》第七條，依法設立的公司，由公司登記機關發給公司營業執照。
1、明顯的區別是兩者之間的性質：土地的立項不同，產權年限也不同，規劃審批的地上建築物形式也不同，繳納土地出讓金的多少也不同，必須嚴格按照立項的批覆，規劃局的規劃建，否則就屬違規。
2、商業用房是指各類商店、門市部、飲食店、糧油店、菜場、理髮店、照相館、浴室、旅社、招待所等從事商業和為居民生活服務所用的房屋，以及用房，如寫字樓等，還包括車庫等。
3、關於商業用房的另一種解釋：商業用房是指房地產開發公司開發的供商業、糧食、供銷、飲食業等部門對外營業用的商店、門市部、糧店、書店、供銷店、飲食店等房屋。一般指底層臨街的房屋。
4、在用途上工業用房就偏向於工業行業產業了，這也就決定了兩者之間建築選址的大不同。
出讓方：
1、營業稅：單位和個人受讓的土地使用權，以轉讓土地使用權取得的全部收入減去土地使用權的購置或受讓原價後的餘額為營業額，按照5%的稅率繳納營業稅。
2、城市維護建設稅和教育費附加：以上述營業稅額為計稅依據，分別按照5%(納稅人在縣城、鎮的)和3%的稅率繳納城市維護建設稅和教育費附加。
3、土地增值稅：以轉讓土地使用權取得的全部收入減去法定的扣除額後的餘額為土地增值額，按照累進稅率繳納土地增值稅。法定的扣除額包括取得土地使用權所支付的金額;開發土地的成本、費用;與轉讓房地產有關的稅金等。稅率：增值額未超過扣除專案金額的50%的部分，稅率為30%;增值額超過扣除專案金額的50%至100%的，稅率為40%;增值額超過扣除專案金額的100%至200%的，稅率為50%;增值額超過扣除專案金額200%的，稅率為60%。
4、企業所得稅：按25%的稅率繳納企業所得稅。
5、印花稅：按產權轉移書據(合同)所載金額繳納0.05%的印花稅。
受讓方：城鎮土地使用稅：以納稅人實際佔用的土地面積(平方米)為計稅依據，按一定的稅率(每個城市各不相同)按年繳納。
