巴馬科屬於典型的熱帶草原氣候，全年氣候炎熱，平均氣溫28攝氏度 ，絕對最高氣溫可達43.7攝氏度，年均降水量1000毫米，6至9月為雨季，冬季降水量則幾乎為零。巴馬科的城市歷史起源於18世紀末，最初為一個小鎮，20世紀初法國殖民者在此大興土木，並先後成為了上塞內加爾尼日和法屬蘇丹的行政中心。
1993年2月11日，根據馬裡國家行政區劃方案，巴馬科作為首都而單獨成立一個大區。巴馬科是西非重要的商貿中心和交通樞紐，巴黎到巴馬科有常年固定航線。同時，巴馬科也是非洲城市化發展速度最快的城市，其增長率世界排名第六。
巴馬科是一個依山傍水的城市，其西北為庫魯巴山，海拔大約480米。東南側則有一塊獨立的小山丘。市區其餘地方地勢都比較平坦，平均海拔大約330米。
巴馬科的歷史由來其說不一。有一種說法是：在象牙海岸東北部有個叫做空的地方，有一個獵人巴馬科叫邦巴薩諾戈，他在獵獲一頭大象的地方建了一座城池，用他的姓和故鄉的地名取名叫做邦巴空，後來就慢慢變成了巴馬科。另一種說法是，巴馬科是尼亞雷人建立的，當時是一片鱷魚聚集的沼澤地，因此鱷魚後來成了巴馬科市的象徵。
巴馬科是一座歷史悠久的古城，這裡曾經是非洲歷史上第一個統一的黑人王國馬裡帝國（公元13世紀至15世紀）的中心，在法國殖民主義者侵佔之前，是當時橫貫撒哈拉沙漠貿易的貨物集散地之一。
