重慶醫藥高等專科學校的前身是創建於1948年的中國人民解放軍華東野戰軍第一後方醫院衞生學校；1950年，更名為西南區川東醫士學校；1953年，改名為重慶市衞生學校，後更名為四川省重慶醫士學校；1956年，學校一分為二，成立四川省重慶醫士學校；1958年，升格為重慶醫學專科學校，後更名為四川省重慶衞生學校；1998年，更名為重慶市衞生學校；2006年，重慶市藥劑學校、重慶市衞生學校、重慶市第二衞生學校合併升格成立重慶醫藥高等專科學校。據2021年1月學校官網顯示，學校本部佔地面積近40萬平方米，建有八個教學院部，開設25個高職專科專業；全日制普通大專學生近15000人，2019年12月，被教育部、財政部列入第四類高水平專業羣建設單位（C檔）。截至2021年1月，重慶醫藥高等專科學校共建有藥學院（中藥學院）、護理學院、醫學技術學院、臨牀醫學院、中醫學院、基礎部、馬克思主義學院、繼續教育學院8個教學院部，開設高職專科專業25個。
