疫情期間健康證明有工作人員簽發的次日開始，三天之內有效，超過三天之後就要重新申報，流程和首次申請時一樣。在申請提交之後，有關工作人員會通知會綜合是進行安排，但是各地的時間會略有不同。
對持湖北省等疫情高發地區身份證外來人員，如能提供中國移動、中國電信和中國聯通發佈的個人軌跡證明信息，證明本人14天內未離開過本地、未到過疫情高發地的，可到社區（居委或村委）或本人所在單位申領證明。
疫情健康證明怎麼辦理：1、居家隔離解除證明：首先自己要保證自己這段時間根本沒有出去過，沒有接觸史，這樣村委會，或者小區委員會才會出具居家隔離證明。
2、單位要求復工的證明：自己需要到單位開單位復工的證明，這樣拿着單位復工證明，或者復工通知到村委會蓋章，村支書才會簽字。
3、村裏或鎮裏等醫生簽字：自己到村裏，或者小區的醫生需要簽字，到醫生那裏測量一下體温，然後詢問最近一段情況，醫生簽字。
4、村支書進行簽字：村裏的醫生簽字之後，還需要村委會蓋章，村支書進行簽字，然後健康證明，村支書會幫助進行辦理。
5、鄉鎮衞生院蓋章：健康證明上除了村裏醫生簽字外，還需要鄉鎮的衞生院蓋章，這個有的是自己前去辦理，有的是村委會人員幫助辦理。
6、鄉鎮政府蓋章：村委會蓋章，村醫生，村支書籤字，鄉鎮衞生所蓋章後，然後到鄉鎮政府進行蓋章，這時候健康證明手續基本就完成了。
7、縣級以上醫院進行檢查：有的地方，比如疫區或者比較嚴重一點的地方，還需要本人到有資質的醫院進行檢查，化驗，進行核酸測試等。
疫情期間健康證明辦理流程：以南陽為例，現場辦理流程：
各縣(市、區、管委會)疫情防控指揮部每天根據轄區確診、疑似病例發生情況，標記非疫情村(社區)和有疫情村(社區)。凡是確定為非疫情村(社區)中有外出務工意願的人員，實行包村(社區)鄉(鎮、街道)幹部簽字、村(社區)支書籤字、村(社區)醫生簽字“三簽字”制度，開具南陽市外出務工人員健康證明。
有疫情村(社區)中與確診患者無接觸史且有外出務工意願的人員，再居家隔離 7 天后無症狀的，實行“三簽字”制度，開具南陽市外出務工人員健康證明。
對於有疫情的村(社區)中與確診患者有過接觸且有外出務工意願的人員，醫學觀察 14 天后無症狀，再進行 7天居家隔離期滿無症狀的，實行“三簽字、兩蓋章”制度(即在“三簽字”基礎上，由鄉鎮衞生院或社區衞生服務中心出具南陽市外出務工人員健康證明，加蓋鄉鎮政府或街道辦事處、鄉鎮衞生院或社區衞生服務中心章)。
