是雙一流大學。雙一流大學一般指世界一流大學和一流學科。上海中醫藥大學是世界一流學科建設高校，一流學科：中醫學、中藥學。
上海市“重中之重”學科（1個）：中藥學
上海市重點學科（9個）：中醫婦科學、中醫診斷學、中醫系統實驗方劑學、中醫醫史文獻、中藥學、鍼灸推拿學、中醫骨傷科學、中醫外科學、中醫內科學
上海高校一流學科（6個）：A類-中藥學；B類-中醫學、中西醫結合、科學技術史；培育-護理學、藥學
上海高校高峯高原學科（4個）：I類高峯-中藥學、I類高峯-中醫學、I類高峯-中西醫結合、I類高原-科學技術史
上海市教育委員會重點學科（5個）：中藥臨牀藥理學、中藥藥劑學、中醫診斷學、中醫脾胃病學、中西醫結合基礎
