學制兩年研究生和三年的差別有培養方向不同、招生條件不同、招生考試不同、學習方式不同、學習費用不同、文憑頒發不同。學制兩年的研究生就是專業型碩士，學制三年的研究生就是學術型碩士。
學制兩年研究生主要是為特定的行業培養優秀的實踐型人才；而學制三年研究生主要是培養理論型人才，注重培養學生的教學和科研能力。
學制兩年研究生要求報考學生必須有一定的工作經驗，並且報考人員需要徵得所在單位的同意，否則不能報考；而學制三年研究生則沒有這些要求。學制兩年研究生每年有兩次考試的機會，一次是10月份的聯考，另一次是年初的統考，考生可以根據自己的時間安排參加哪次考試。並且這兩個考試都是由招生單位自主命題、自主批改試卷的；而學制三年研究生只有年初的統考，統考以外的專業課是由招生單位自主命題的。學制兩年研究生通常是半脱產研究生，學制是2-3年；而學制三年研究生通常是全日制學習研究生，學制是3年。
學制兩年研究生的學費通常由學生自己負責，並且各個院校的收費標準不一樣，學生要以報考院校的具體規定為準；而學制三年研究生是國家統一撥款資助的，通常不需要學生自己交學費，並且在校期間可以享受獎學金和生活補貼的福利。學制兩年研究生只可以獲得學位證書，不可以獲得學歷證書。但是有一些專業是有例外的，比如工商管理碩士、法律碩士、臨牀醫學碩士，這幾個專業可以獲得學歷證書；而學制三年研究生成績合格畢業後，都可以獲得學歷證書和學位證書。
