税收會計核算現狀及存在的主要問題有：1、税收會計在會計體系中的地位不明確。一種觀點認為，税收會計是預算會計體系的組成部分；另一觀點認為，税收會計並非預算會計的組成部分，税收會計與預算會計是並列的關係。2、税收會計核算內容存在侷限性。税收會計核算的對象始終圍繞着税收資金運動，實質上就是圍繞着税收收入的實現、徵解、進行核算的，而對税收成本視而不見。3、税收會計核算功能趨於統計化。從現行税收會計核算科目設置和核算內容來看，歷次税收會計核算改革或會計報表的調整，都是根據税收政策的變化而變化。4、現行税收會計制度的設計過於複雜。會計制度的設計是圍繞會計目標，依據基本會計法律法規來進行的。
