POS的手續費率是按交易量的百分比扣除，費率標準從0.5%到4%不等。一般來説，零售業的刷卡手續費率在0.8%-1%，超市是0.5%，餐飲業為2%。POS機刷卡手續費是由商户來承擔的。商户與銀聯或者收單機構達成協議：使用這種刷卡結算的服務，並相應地向對方支付一定的手續費。因此，POS機刷卡手續費會在銀行、收單機構與銀聯之間進行分配，分配比例為7:2:1。
商店接受客户刷卡後，需支付百分之二至三的手續費給銀行和信用卡中心。稱為刷卡手續費。
2012年11月央行下發《中國人民銀行關於切實做好銀行卡刷卡手續費標準調整實施工作的通知》稱，此次手續費下調僅涉及境內銀行卡的消費交易，2003年施行的商户刷卡手續費規定自2013年2月25日起同時廢止，此次刷卡費率總體下調幅度在23%至24%。
特約商店接受客户刷卡後，需支付百分之二至三的手續費給銀行和信用卡中心。有些廠商為節省成本，會要求持卡人另外支付手續費，因為刷卡就必需開立發票，使商店無法逃税。
