恭亲王不除掉慈禧因为他不具备铲除慈禧太后的野心，实力和意愿。
恭亲王没有除掉慈禧的意愿：
恭亲王奕䜣和慈禧是一个利益共同体。恭亲王发动政变是为了夺权，有两宫太后的支持，他的政变才能合法化。恭亲王除非是打算称帝，不然他除掉慈禧，就失去了靠山，同治帝亲政后，他也不得善终，所以他才没有除掉慈禧。
恭亲王奕䜣和慈禧的利益关系：
恭亲王是清末有能力又有救国之心的宗室王爷，可惜他因为曾经与咸丰帝争夺过帝位，因此咸丰帝登基后，对他这个弟弟，就非常忌惮，如果不是因为恭亲王能力出众，估计他也就只能做个闲散王爷，咸丰帝根本不会让涉足前朝。
在咸丰帝病逝前夕，咸丰帝为幼子同治留下八大顾命大臣，就是把恭亲王排挤在外，咸丰帝是怕恭亲王这个能力不凡的弟弟，最后夺了儿子的皇权，等于说是把恭亲王彻底踢出前朝。
在清末内忧外患的情况下，恭亲王救国心切，自然不愿意离开朝堂，但除非他造反，不然也无可奈何。正好当时慈禧与慈安两宫太后与八大顾命大臣之间矛盾很深，慈禧找到恭亲王联盟。对于恭亲王来说，如果他想名正言顺地重返前朝，为清帝国效力，这是最好的办法。
