一部分注入黄海，一部分通过大运河注入长江。主要应该还是注入黄海。
清朝咸丰以前黄河是从淮河入黄海的，后来由于黄河泥沙大量淤积，导致淮河入海口堵塞不通，淮河水被迫从京杭大运河在扬州汇入长江。但由于大运河较狭窄,流量有限，过去淮河两岸经常发生洪水。
建国后，为了解决淮河水患，修建了苏北灌溉总渠，引道淮河水沿灌溉总渠流入黄海。同时便于两岸农业区的灌溉。
目前来说，淮河水主要还是流入黄海，有一部分通过大运河流入长江。
历史上的淮河是注入黄海的，现在的淮河，洪泽湖以下为淮河下游，有三个入海口。主流通过三河闸，经宝应湖、高邮湖在三江营入长江，是为入江水道，至此全长约1,000公里，注入东海；另一路在洪泽湖东岸出高良涧闸，经苏北灌溉总渠在扁担港入黄海；第三路在洪泽湖东北岸出二河闸，经淮沭河，在临洪口注入海州湾（黄海）。
