海蛎子外壳和内脏不能吃，藏有很多脏的东西，如果真的要吃的话，应该洗干净煮熟了再吃，海蛎子的内脏团中容易藏着重金属等污染物，稍微发黑或者有异气味不能吃。海蛎子的食用方法较多，鲜牡蛎肉通常有清蒸、鲜炸、生灼、炒蛋、煎蚝饼、串鲜蚝肉和煮汤等多种，配以适当调料清蒸，可保持原汁原味；若食软炸鲜蚝，可将蚝肉加入少许黄酒略腌，然后将蚝肉蘸上面糊，用油锅煎至金黄色，以酱油、醋佐食；吃火锅时，可用竹签将牡蛎肉串起来，放入沸汤滚一分钟左右取出便可食用；若配以肉块姜丝煮汤，煮出的汤白似牛奶，鲜美可口。牡蛎肉亦可加工成干品，商品称为蚝豉，若把鲜牡蛎肉及汁液一起煮熟晒干或烘干后便成为熟蚝豉，若要保持全味则不煮，将牡蛎肉直接晒干，便成为有名的生晒蚝豉，蚝豉食用也各式各样。
