1、法律风险。因为乡产权房只具备普通商品房的使用性质，但不具备普通商品房的法律性质。所以，法律法规对商品房的相关规定和制度对小产权房是无效的，购房人的权益很难得到维护。
2、政策风险。购买在建乡产权房，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强迫拆除。那么结果只能是购房人找开发商索要购房款，购房人就可能面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。
3、缺位。乡产权房屋的开发建设还没有明确的规定加以约束，开发建设的同样存在缺位。而乡产权房屋的开发得不到银行贷款支持，开发过程中其大量的开发资金没有政府和银行进行，主要依靠开发商自律进行开发建设，一旦开发单位的资金或其它环节出现问题，极有可能变成烂尾工程。
4、转让风险。根据《中华人民共和国土地管理法》规定，农民集体的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设。而农村宅基地属集体，村民对宅基地也只有享有使用权，农民将房屋卖给城市居民的买卖行为不能受到法律的认可与保护，也就不能办理土地使用证、房产证、契税证等合法手续。
